Første gang museumstanken kom frem i offentligheden i Upernavik var under et Sysselrådsmøde i 1936, hvor både ønsket om en lokal avis og et museum drøftedes. Det blev dog i første omgang kun ved snakken og man skulle derfor vente i 16 år før et egentligt museum blev etableret.

Andreas Lund-Drosvad havde boet i bygden Kangersuatsiaq siden 1927 og havde i løbet af denne tid samlet mange genstande af både arkæologisk og etnografisk karakter. Da kolonien Upernaviki 1953 overgik til at være en såkaldt ligeværdig del af Danmark ændredes også de politiske organer i lokalområdet. Sysselrådet havde siden 1927 afholdt sine møder i byens gamle kirke men med rådets ophør stod den gamle bygning pludselig tom. Andreas Lund-Drosvad foreslog da, at man indrettede kirken til museum og han tilbød samtidig at lade sine egne samlinger indgå i museet. Øverste embedsmand i byen var dengang Kæmner Knudsen og med hans tilladelse gik indretningen i gang.

Andreas Lund-Drosvad forlod Upernavik området i 1957, men præcis hvad han efterlod i den gamle kirke og hvordan det så ud er svært at sige, da der nu hverken findes fortegnelser eller fotos fra museets første tid.

I 1968 blev der pustet nyt fagligt liv i museet. Nationalmuseet i Danmark sendte et hold af sted for at foretage arkæologiske og etnografiske undersøgelser i området. Med på holdet var den unge studerende Keld Hansen, som overvintrede og samtidig gjorde en indsats for at få bearbejdet de eksisterende samlinger på behørig museal vis.Op gennem 1970-erne udgjordes museet stadig blot af den gamle kirke suppleret med et tørvemurshus, som var givet til museet af Heinrich Larsen. I den gamle kirke bar udstillingen præg af, at der ikke var tilknyttet noget magasin, hvorfor alt var udstillet.

I 1979 blev de sidste af de gamle bygninger overdraget til kommunen og området blev i lokalplanen udlagt til kulturelle formål. I lokalplanen for 1986 var dette formål yderligere specificeret til museumsformål. At bygningerne havde en unik betydning for byen og at hele bymiljøet på landsplan var unikt var ingen i tvivl om og i 1983 startede Landsstyret en fredningssag på området omkring de gamle bygninger. Den gamle butik bygget i 1864 havde stået tom siden en ny butik var blevet bygget nærmere havnen, Bestyrerboligen fra 1832 (oprindeligt opført ved Imerissutomkring 1777), bødkerværkstedet fra 1848 havde senere hen fungeret som bageri, den gamle skole fra 1911 samt præsteboligen fra 1866.

Alle disse bygninger stod nu mere eller mindre ubenyttede og forfaldt lige så stille. For at redde dem blev Rønnows tegnestue i København engageret og deres arbejde mundede i 1987 ud i et renoveringsprojekt, som i starten af 1990-erne blev igangsat med økonomisk tilskud fra Skov- og Naturstyrelsen i DK, Grønlands Hjemmestyre og Upernavik Kommune. I 1997 blev de nyrestaurerede bygninger taget i brug og museets udstillingsareal steg markant. Nu kunne der, udover kirken, også udstilles i den gamle butik og kolonibestyrerboligen. Præsteboligen var indrettet som tjenestebolig for museumsleder, bødkerværkstedet blev en kunstnerbolig og endelige indgik den gamle skole, der ikke havde været under restaurering, som magasin og værksted. Samtidig blev der lagt en områdefredning over hele dette bymiljø. Et hus var dog gået tabt idet man få år inden restaureringsprojektets opstart havde valgt at fjerne et stort skur, som havde tilhørt bestyrerboligen. I stedet havde man opført et markant medborgerhus, inuttaasutilluat.

Udstillinger: I den gamle kirke var de ældste udstillinger bygget op i et lokale, som stod som Sysselrådet forlod det i 1953. Der var mødebord med stole, formandsstol, sekretærbord samt vetrineskabe med skuffer til arkivering af sysselrådets sager. Disse møbler stammede fra den allerførste tid som sysselrådssal og de var fremstillet af den lokale tømrer Hans Jørgensen. Disse møbler fik lov at stå i al den tid, rummet blev benyttet som udstillingslokale. På bordene var der lagt forskellige museumsgenstande frem, væggene var forsynet med plancher, hvorpå der var hæftet originale arkæologiske fund fra Nationalmuseets udgravninger i 1968 og endelig var der i vetrineskabet stillet de ting, som gæster ikke måtte røre, blandt andet også menneskekranier. I 1997 gik man tilbage til Sysselrådssalen ved at fjerne alle de genstande, som ikke hørte til der. I indgangen står et orgel, som har stået i Upernaviks ny kirke siden den blev indviet i 1927 XX. Orgelet er formentlig bygget ud fra forskellige dele fra andre orgler og man mener det er Peter Olsen fra Aasiaat, der har bygget det.

I den gamle butik er der god plads til umiaq og kajak og da bygningen, ligesom den gamle kirke, ikke er opvarmet, egner den sig fint til udstilling af disse skindbåde. I 2006 blev der suppleret med en udstilling omhandlende lokal viden om fangstdyr.

I bestyerboligen findes de eneste opvarmede udstillingslokaler og her holdes der skiftende udstillinger.  På førstesalen findes museets kontor samt kiosk.

Kunstnerboligen i det gamle bødkerværksted fik sine første gæster fra Danmark i 1997, hvor seminariestuderende kom på besøg og arbejdede med deres kunst. Sidenhen har der hvert år været besøg i boligen af kunstnere fra hele verden. Upernavik Kommune (siden 2009 Qaasuitsup kommune) har stået for driften og udvælgelsen af kunstnere og de besøgende kunstnere har alle afleveret et værk til museet. Nogle kunstnere har også holdt udstillinger eller lavet små workshops for skoleelever eller byens befolkning.